余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，当时两支越剧团——余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立了余杭县建新越剧团。随后，经过几番更迁和重组，该团在不同的时期被命名为余杭县越剧团、临安县越剧二团以及再次恢复为余杭县建制下的原名。在1965年的合并中，它与另外两支队伍联合，形成了今日的分体结构。直到1978年，这个曾经以男女双演、文武兼备著称的艺术群体得到了重新确立。

其间，有着多位杰出的领导人，如茅桂兰、杨小楼等，他们带领着汪小桢、杨淡风等一批才华横溢的艺术家们，为社会贡献了《杨门女将》、《十里红妆》等经典作品。

80年代末，为了振兴该戏曲传统，政府招募29名女学员，并经过五年的培养，最终在1994年成立了新的面貌焕然一新的余杭市小百花越剧团。在接下来的五年内，该队排出了九部大型戏曲，其中三部是该集体创作的独家作品，如《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》，这些作品分别获得了一系列奖项，包括优秀编剧奖、演出奖及其他多项荣誉。此外，《罗家小将》还获选为1997年的首届“五个一工程”奖，而《杨乃武》的编写则获得省级戏曲节上的多个奖项。

目前，该集体拥有不少青年才俊如朱晓勤和张惠芳，以及一些资深演员如李霄雯、冯小娟及金采芳等。历任主要领导有谭均华、莫桂松，以及后来担任过负责人的李雪华、高敬德和王文圭。