余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，当时两支越剧团——余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立了余杭县建新越剧团。随后，经过几次更名和重组，最终在1961年恢复为余杭县建制下的原名。1965年，该团与其他两支队伍合并，并在1966年组成了思想文艺宣传队。在1978年4月11日，余杭县又重新设立了以此为基础的越剧团。

该艺术集体以其独特的男女合演、文武兼备的风格，通过演出如《杨门女将》、《十里红妆》等经典戏曲作品，对社会产生了深远影响。历任主要领导包括茅桂兰、杨小楼、陶显玲、张国根等，而著名艺术家则有汪小桢、杨淡风、徐水蓉等人。

80年代末期，为了振兴这家传统艺术院所，在全省范围内招募29位女学员，并经过五年的培训，他们于1994年组成了一支面貌焕然一新的新阵容，即现在的余杭市小百花越剧团。在接下来的时间里，这个團排出了九部大型戏曲作品，其中包括三部创作自公司内部的作品，如《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》，这些都曾获得多项奖项。此外，还有一些青年演员如朱晓勤和张惠芳，以及一些知名的小百花演员李霄雯、高金采芳等人，也对这个團做出了贡献。

90年代，该團由谭均华和莫桂松领导，并且有过几位不同的團長，如李雪华、施敬德以及王文圭。