1921年4月出生于吉林省吉林市，是中国同盟盟员。他在1931年的日本侵略东北后，与家人迁至上海，并进入新春秋戏剧学校及金星电影公司演员训练班。解放前后，他分别在上海艺术剧团、长征话剧团及大中华电影制片厂担任演员。

1951年，他加入合作越剧团开始他的导演生涯，为该团导演了30余部大戏，如《白蛇传》、《玉堂春》、《绿衣人传》、《王老虎抢亲》等。在这些作品中，《王老虎抢亲》成为剧团的保留剧目，并由香港长城电影公司拍摄成戏曲艺术片。此外，他还编导了越剧《三笑》，并排演了《林冲》、《文姬归汉》、《鱼针记》等剧。

“文化大革命”期间，李卓云任静安越劇團藝術顧問，致力於藝術上的探索革新。他導演了《光绪皇帝》、《含羞草》、《還魂記》和《天方夜譚》，其中對《光绪皇帝》的多場次形式與電影的意識流手法獲得好評，並在1986年作為參加香港國際藝術節的主要劇目之一。他的其他作品如《還魂記》（結合昆曲精髓）、《天方夜譚》（融入阿拉伯風情）和 《含羞草》（兼具鄉村朴實與傳奇色彩），都展現了他對傳統戲曲創新的嘗試和對美學多元化的追求。