《巡按斩父》讲述了一个古代的故事。在那个年份，南京遭受了严重的自然灾害和饥荒，百姓们生活在极度困苦之中。皇家为了缓解民众的痛苦，下发了一笔救济款项，但这笔钱却被贪官周吉私吞不说，还加以滥用。百姓们尝试向朝廷告状，但无门可求。这时，一位清廉的官员徐青奉命来到南京，以确保救济款项能够及时分配给需要的人。但是，他面临的一个巨大挑战是李月素，这位妇女声称十八年前，她的丈夫被杀，就是徐青父亲所为。而就在这个时候，周吉也发现了这一点，并利用这一信息企图逃脱自己的罪责。

在这个复杂的情境中，徐青必须做出一系列艰难抉择。他必须同时处理好与生父之间的情感纠葛，以及对抗贪官周吉的手段。最终，在深思熟虑之后，他做出了一个痛心疾首但又坚定不移的决定：将他的生父和另外一起凶手一起处决。这部越剧作品通过徐青这个角色的故事展现了当时社会中的腐败问题以及个人的道德选择和行动力。