在古代的一个困难年头，南京遭遇了严重的自然灾害和饥荒，百姓们备受苦难。为了缓解民众的困境，皇家下发了一笔救济款项，但不幸的是，这笔款项落入了贪官周吉的手中，他私吞了救济金，让百姓们更加绝望。就在这个时候，一位清廉的巡按徐青奉命来到南京进行调查，当地人纷纷前来控诉他们遭受的不公待遇。

然而，在这个过程中，一件往事被揭开：李月素指控十八年前杀死自己丈夫的人正是徐青父亲。这一信息让徐青陷入了一个极其痛苦的情感与道德上的抉择。他必须决定是否执行自己的职责，即对那些参与腐败行为的人进行惩罚，无论他们是不是他的亲人。而周吉也利用这一秘密试图逃避法律的制裁。

经过深思熟虑，徐青最终做出了一个艰难但坚定的人生选择——斩首所有涉及腐败行为的人，不管他们是谁。这部戏剧《巡按斩父》通过这样的故事展现了在复杂情势下的勇气与正义，以及一个人如何在面对个人伦理和职业责任之间做出决断。