自1956年成立至今，南京市越剧团已走过了四十多年的光辉历程。其前身是上海云华越剧团，由竺水招创办，与上海越剧院、浙江越剧院并称为全国三大越剧团之一。成立之初，团队就展现出了强大的艺术实力。在1956年赴京演出的《南冠草》不仅受到周恩来总理等中央领导的亲切接见，而且1992年被拍摄成电视艺术片，在国内外赢得了广泛赞誉。

在接下来的几十年里，南京市越剧团不断创作和演出优秀的剧目。如1962年的《柳毅传书》，该作品被拍制成电影艺术片，并在国内外享有盛名。而1982年的《莫愁女》则先后于1982年和1997年分别被拍摄成电影艺术片和电视艺术片，并入选了中央电视台戏曲精品库。

除了这些经典作品之外，现代戏《报童之歌》1979年参加国庆三十周年献礼演出，还获得了文化部颁发的创作演出二等奖。此外，《秦淮梦》获江苏省新剧目调演演出奖，并于1985 年拍摄成戏曲电视连续剧，荣获首届中国戏曲电视节“鹰象奖”及第六届全国电视剧飞天奖。

更值得一提的是，《侯门之女》的成功使该团赢得了一系列荣誉，其中包括1988年度江苏省新劇目展覽表彰多個獎項，以及1991年的電視藝術片版本獲第十二屆全國電視劇飛天獎一等獎。此外，该團還於1994年參加中國小百花越劇節獲得金銀獎共五枚。

此後，该團繼續推出了多部優秀戲碼，如《哑女恨》（獲第十一屆全國電視劇飛天獎二等獎）、《梨園天子》（獲江蘇省新劇調演七個獎項）以及 《洞房文武錯》（獲江蘇省首屆戲劇節十一個獎項）。

在21世紀初期，该團继续保持其領先地位，並且積極探索新的創意與表現方式。例如，在2004-2005年度，其重新創作的古裝喜劇《柳毅傳書》成為了江蘇省舞台藝術精品工程初選入圍項目，這也為該團衝刺國家級「舞台藝術精品」奠定了基礎。