余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，当时两支越剧团——余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立了建新越剧团。随后，经过多次更迭和重组，1961年4月，该团恢复为余杭县建制，并改名为余杭县越剧团。然而，不久之后，文化大革命的影响导致该团于1966年8月被迫解散。

直到1978年4月11日，余杭县再次恢复了自己的 越剧团。在此期间，该队以其独特的男女合演、文武兼备的艺术风格，为社会带来了《杨门女将》、《十里红妆》等经典戏曲。该队曾有多位杰出的领导人，如茅桂兰、杨小楼、陶显玲、张国根，以及艺术家汪小桢、杨淡风等人。

80年代末期，当地政府为了振兴这家老牌戏班，在全省范围内招募29名女学员，并在他们完成培训后于1994年重新组建成了现在的面貌焕然一新的余杭市小百花越剧團。这段时间内，该队成功排出了9个大型戏曲作品，其中包括三部由该队创作而成的《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》，分别获得了各种奖项。

目前，这个著名的演出集团由一群青年演员领衔，其中包括朱晓勤和张惠芳，以及一些资深的小百花演员如李霄雯、冯小娟等人。此外，其历任主要领导还包括谭均华、莫桂松以及现任负责人李雪华、高敬德和王文圭。