余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，原名为余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团的合并产物——余杭县建新越剧团。随后，该团历经多次更名和重组，1961年4月恢复了原名，并在1978年4月11日再次恢复了名称。该剧团以其独特的男女合演、文武兼备艺术风格而闻名，曾演出如《杨门女将》、《十里红妆》等经典戏曲。

在不同的时期，该剧团培养了一系列著名演员，如汪小桢、杨淡风、茅桂兰、徐水蓉等。此外，鲁丁、何爱华等也对该剧团产生了重要影响。

80年代末，由于政府支持，该剧团吸纳29位女学员进行培训，并于1994年成立新的面貌——余杭市小百花越剧團。在接下来的五年中，该队创作并上演了九部大戏，其中包括三部由该队自编自导的作品：《罗家小将》、《魂断深宫》和《杨乃武》，分别获得多个奖项认可。

目前，该劇團拥有一批青年才俊，如朱晓勤和张惠芳，以及一批资深表演者，如李霄雯、冯小娟等。90年代，该劇團主要领导人有谭均华、莫桂松，他们带领着李雪华、施敬德和王文圭等人推动了劇團的发展。