余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，当时两支越剧团——余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立了余杭县建新越剧团。随后，经过几番更迁与重组，该团在1961年恢复为余杭县建制，并重新命名为余杭县越剧团。在此期间，该队曾一度与其他两支台演出队伍合并，但最终于1978年4月11日恢复独立。

在其多彩的演出历程中，残存着男女合演、文武兼备的艺术特色，以《杨门女将》、《十里红妆》等经典作品深受观众喜爱。该队先后由茅桂兰、杨小楼、陶显玲、张国根等著名艺术家领导，而汪小桢、杨淡风、徐水蓉等也成为其重要的人才。

80年代末期，为了振兴这支传统戏曲集体，余杭市委和政府从全省范围内招募29位青年学员进行培训，最终在1994年成功组成了当代版的余杭市小百花越剧团。这一时期，该队创作并上演了九部大型戏，其中包括《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》，其中三者均获得了丰富奖项。此外，《罗家小将》还荣获了“五个一工程”奖，而《杨乃武》则荣获省级戏剧节中的编导和表演奖项。

该队现任主要领导人有谭均华、何明珠，以及施敬德作为总经理。而在这一时期，也涌现了一批新生力量，如朱晓勤、张惠芳以及李霄雯、高玉娟等，他们都成为了该台宝贵的人才资源。