余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，当时两支越剧团——余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立了余杭县建新越剧团。随后，经过几番更迁与重组，该团在不同的时期被命名为余杭县越剧团、临安县越剧二团以及再次恢复为余杭县建制下的原名。在1965年的合并中，它与另外两支队伍联合，分成了两个独立的演出单位，但仅一年后，便因社会动荡而暂停活动。直到1978年，这个传统文化阵容才重新焕发活力。

曾经，以其独特的男女共演、文武兼备的特色，呈现了一系列深受欢迎的古典戏曲，如《杨门女将》、《十里红妆》，对社会产生了广泛影响。历任主要领导包括茅桂兰、杨小楼、陶显玲及张国根，而其重要艺术成员则有汪小桢、杨淡风等人。此外，还有徐水蓉、方宽太、吴强等一批精英贡献着他们的才华。

进入80年代末期，为了振兴这个艺术集体，地方政府进行了一场大规模招募，一共吸纳了29位女学员经过培训后，在1994年正式组成了新的面貌亮丽的余杭市小百花越剧團。这五年间，他们成功上演了九部大型戏曲作品，其中三部创作自该团，如《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》，分别在当地比赛中获得多项奖项，并且还荣获省级戏曲节最佳编导奖和最佳舞台美术设计奖，以及音乐创作奖等殊荣。

此外，这些成就也得益于一代又一代青年演员如朱晓勤和张惠芳，以及资深的小百花成员李霄雯、高慧芳等人的努力。而90年代期间，该公司主要由谭均华、莫桂松领导，并由李雪华、何敬德及王文圭担任各个层面的管理人员。