余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，当时两支越剧团——余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立了建新越剧团。随后，经过多次更迭和重组，该团在1961年恢复为余杭县建制，并在1978年重新命名为余杭县越剧团。

此间，该队以其男女共演、文武兼备的独特风格，在社会上广受欢迎，以传统名著《杨门女将》、《十里红妆》等进行表演。该队曾有多位杰出领导，如茅桂兰、杨小楼、陶显玲和张国根，他们共同推动了艺术事业的发展。

1980年代末，为了振兴该队，余杭市委和市政府组织了一次全省范围内的招募活动，从而吸引了29名女学员加入训练。在1994年的培训结束后，这批学员成为了面貌焕然一新的余杭市小百花越剧团。五年的时间里，该队成功排出了九部大戏，其中《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》的三部作品被创作出来，并获得了多项奖项。此外，《罗家小将》还荣获1997年的首届“五个一工程”奖，而《杨乃武》则获得了省第八届戏剧节中的编剧奖及演出奖等多种荣誉。

目前，该队拥有许多优秀青年人才，如朱晓勤和张惠芳，以及一些资深演员如李霄雯、冯小娟、金采芳、高燕琴以及魏晓燕等。在90年代，该队的主要领导包括谭均华、莫桂松，以及李雪华作为团长，她之后被施敬德接任，再由王文圭担任此职。此外，还有一些其他重要成员对该艺术集体做出了贡献。