余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，当时两支越剧团——余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立了余杭县建新越剧团。随后，经过几番更迁与重组，该团在1961年恢复为余杭县建制，并重新命名为余杭县越剧团。在此期间，该队曾一度与其他两支台演出队伍合并，但最终于1978年4月11日恢复独立。

在其多年的发展历程中，余杭市小百花越剧团以男女合演、文武皆备的特色，为社会带来了诸如《杨门女将》、《十里红妆》等经典作品的精彩演绎。该队曾有过多位杰出的领导者，如茅桂兰、杨小楼、陶显玲和张国根，他们都对该队产生了深远影响。此外，那些如汪小桢、杨淡风等艺术家们也为该队贡献了宝贵的力量。

80年代末期，为了振兴该剧院，余杭市委和市政府决定招收29名女学员进行培训，这一举措最终在1994年成功地推出了面貌焕然一新的余杭市小百花越剧团。在接下来的五年时间内，该集团共排出了九部大戏，其中包括三部创作自家的作品：《罗家小将》、《魂断深宫》以及《杨乃武》，这三部作品分别参加了不同的比赛，并获得了一系列奖项，如优秀编导奖、中美合作奖及表演艺术奖等。

目前，该群体拥有若干才华横溢的青年演员，如朱晓勤和张惠芳，以及一些经验丰富的小百花成员，比如李霄雯、冯小娟、金采芳、高燕琴及魏晓燕。90年代，该公司由谭均华、莫桂松等人主导，而李雪华、高敬德及王文圭则担任过各自的一段时期的團長职务。