余杭市小百花越剧团的前身可以追溯至1955年，时为余杭县众艺越剧团与德清县新立越剧团的合并产物——余杭县建新越剧团。随后，该团在1957年正式定名为余杭县越剧团，再次更名为临安县越剧二团于1958年10月。1961年的4月，余杭县恢复建制，并将该队重新命名为原貌的余杭县越剧团。在接下来的几十年里，该队经历了多次变革和重组，最终在1978年的4月11日恢复了原有的名称。

自成立以来，该队以其独特的男女合演、文武兼备的艺术特色，在社会上广受欢迎，其演出包括《杨门女将》、《十里红妆》等传统戏曲作品。历任主要领导人有茅桂兰、杨小楼、陶显玲、张国根，而知名演员则有汪小桢、杨淡风、徐水蓉等人。

80年代末期，当地政府为了振兴该队，在全省范围内招募29位女学员，经过系统培训后，这些学员在1994年共同创办了面貌焕然一新的余杭市小百花越剧團。在接下来的五年时间内，该队成功排出了九台大戏，其中包括由自身创作的《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》，这些作品不仅获得了优质奖项，还参加了多个重要活动，如首届“五个一工程”奖以及省第八届戏曲节比赛，以卓著成绩结业。

当前，该队拥有青年才俊如朱晓勤和张惠芳，以及成熟的小百花演员李霄雯、高洁等，他们都曾参与过众多杰出的表演项目。而90年代期间，该队主要领导人物包括谭均华、莫桂松，以及任职期间分别是李雪华（施敬德）、王文圭（李雪华）三位团长。