余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，当时两支越剧团——余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立了余杭县建新越剧团。随后，经过几番更迁与重组，该团在不同的时期被命名为余杭县越剧团、临安县越剧二团以及再次恢复为余杭县建制下的原名。在1965年的合并中，它与另外两支队伍融合，分成了两个部分，其中一个部分最终形成了今天的组织架构。

该艺术集体以其独特的男女合演和文武兼备的特色，在多部经典戏曲如《杨门女将》、《十里红妆》等方面产生了深远影响。历任主要领导包括茅桂兰、杨小楼、陶显玲、张国根，他们带领着一批优秀演员，如汪小桢、杨淡风、徐水蓉等，为这段历史增添了光彩。

80年代末期，为了振兴这家传统戏曲院线，邀请29位女学员加入，并经过系统培训，最终在1994年成立了一支全新的面貌：余杭市小百花越剧团。在接下来的五年时间内，这个集体创作并上演了九台大戏，其中三部作品《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》均是该集体自主创作，并获得多项奖项。

当前，该单位由一群才华横溢的青年演员如朱晓勤和张惠芳领衔，同时也有一批资深的小百花成员李霄雯、高娟等人贡献自己的力量。而90年代期间，该公司的主要领导包括谭均华、莫桂松，以及后来担任过各级职务的人物李雪华、中山施敬德及王文圭。