余杭市小百花越剧团的前身可以追溯至1955年，时为余杭县众艺越剧团与德清县新立越剧团的合并产物——建新越剧团。随后，该团在1957年正式更名为余杭县越剧团，再于1961年复归原名。然而，在文化大革命期间，该团经历了多次变迁和重组，最终在1978年恢复了原有的名称。

自成立以来，余杭县越剧团以其独特的男女合演和文武兼备的艺术特色，在社会上广受欢迎，其它著名演出包括《杨门女将》、《十里红妆》等传统戏曲作品。该队曾经有过几位杰出的领导人，如茅桂兰、杨小楼、陶显玲、张国根，他们对队伍产生了深远影响。此外，汪小桢、杨淡风、茅桂兰、徐水蓉等也都是该队不可或缺的人才。

80年代末期，当地政府为了振兴这支古老的戏曲队伍，从全省范围内招募29位女学员，并经过系统训练后，她们于1994年成为了面貌焕然一新的余杭市小百花越剧团。在接下来的五年中，这个新的阵容排出了九台大戏，其中《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》三部作品是该集体创作的一部分，它们先后参加了由市举办的大型戏曲展览会，并获得了一系列奖项。

近些年的主要青年演员包括朱晓勤和张惠芳，而主力表演者则是李霄雯、冯小娟以及金采芳、高燕琴和魏晓燕。这段时间内，该舞蹈公司还拥有着谭均华和莫桂松这样的优秀领导人，以及李雪华作为总监管理着这个集团，施敬德和王文圭分别担任副总监职务。