余杭市小百花越剧团的历史可追溯至1955年，当时两支越剧团——余杭县众艺越剧团和德清县新立越剧团合并成立了余杭县建新越剧团。随后，经过几番更迁与重组，该团在不同的时期被命名为余杭县越剧团、临安县越剧二团以及再次恢复为余杭县建制下的原名。在1965年的合并中，它与另外两支队伍融合，分成了两个部分，其中一个部分最终形成了今天的组织架构。

该艺术集体以其独特的男女合演和文武兼备风格闻名于世，其代表作包括《杨门女将》、《十里红妆》等经典之作。历任主要领导人如茅桂兰、杨小楼、陶显玲及张国根对该團产生过重要影响。而在艺术人员方面，汪小桢、杨淡风、徐水蓉及其他多位人才也为此團贡献了宝贵力量。

进入80年代末期，由于政府支持，该團吸纳29名女学员进行培训，并在1994年正式成立新的面貌，以“小百花”这一名称而闻名。在接下来的五年内，该團成功推出了九部大戏，其中创作的三部作品《罗家小将》、《魂断深宫》、《杨乃武》，分别荣获多项奖项。此外，《罗家小将》还获得了1997年的首届“五个一工程”奖，而《杨乃武》则赢得省级戏剧节中的编剧奖和演出奖等多个殊荣。

目前，该劇団拥有不少青年才俊，如朱晓勤和张惠芳，以及资深演员如李霄雯、冯小娟、高采芳等。近些年来，该團的主要领导有谭均华、莫桂松，以及李雪华、施敬德和王文圭担任过各自职务。