《巡按斩父》讲述了在古代某个年份，南京遭受了严重的自然灾害，百姓们生活在极度困苦之中。为了缓解民众的痛苦，皇家拨款救灾钱粮，但却被贪官周吉私吞不顾。面对这一切，百姓们无处可诉。但就在这个紧要关头，一位清廉的巡按徐青奉命来到南京进行调查，他听闻百姓们的冤屈纷纷前来告状。此时，一名叫李月素的人向徐青揭露了一件十八年前的杀人案：她声称，她丈夫的仇人正是徐青父亲，这让徐青陷入了一个难以取舍的情法两难境地。而周吉也企图利用这一秘密逃脱自己的罪责。在这场复杂的情节中，徐青经过深思熟虑，最终做出了一个极其艰难但又坚定的人生选择：他决定将自己的生父和那个杀死他的仇人一起斩首。这一剧情展现了历史背景下权力的腐败、个人道德与法律之间冲突以及人性中的悲欢离合。