《巡按斩父》讲述了在古代某个年份，南京遭受了严重的自然灾害和饥荒，百姓们生活困难，民不聊生。就在这时，皇家下发了一笔救灾钱粮，但却被贪官周吉私吞，不但没有救济百姓，还加剧了他们的苦难。百姓们无处可诉，只能默默承受痛苦。此刻，一位清廉的官员徐青奉命来到南京进行巡察，他的到来为人们带来了希望。然而，当一位名叫李月素的妇女向徐青告状时，她揭露了一段十八年的秘密：她丈夫被杀案的真凶竟然是徐青自己的父亲。这让徐青陷入了一个艰难抉择：既要依法惩治罪犯，又要面对作为子女应有的情感责任。而周吉也利用这一点试图逃脱法律制裁。他用此事威胁着徐青，要他放过自己，以换取自己的安危。

在这样的复杂情境中，徐青经过深思熟虑，最终做出了决定。他明白，无论是法律还是人性，都不能容忍犯罪行为继续存在，因此，他决定将自己的生父和罪犯一起定谳。在这个过程中，他展现出一种超越家族、超越个人利益的大义之心，同时也体现了戏曲作品常见的情节冲突和人物内心挣扎，这些都构成了《巡按斩父》这部戏曲作品独特的情感力量和艺术魅力。